Figlio di genitori molto credenti, compie i primi studi classici presso un collegio di Scolopi, e li conclude dai Gesuiti. Nel 1957 si iscrive all'Accademia Nazionale di Arte Drammatica, per lasciarla l'anno dopo considerandola inutile. Debutta come attore nel 1959 a Roma quale protagonista del Caligola di Albert Camus. Successivamente diventa regista di se stesso, iniziando a compiere un'opera di manipolazione integrale dei classici, da lui chiamata «variazioni». Esplode infine il «caso Carmelo Bene»: Alberto Moravia, Angelo Maria Ripellino, Ennio Flaiano e Pier Paolo Pasolini sono solo alcuni degli intellettuali che vengono affascinati da lui. Comincia poi l'esperienza cinematografica, prima come attore nel film di Pasolini Edipo Re, poi come regista del film Nostra Signora dei Turchi (tratto da un suo romanzo), che al Festival di Venezia vince il Leone d'Argento. Due altri film da citare sono Capricci (1969) e Don Giovanni (1970). Con Salomè (1972) e Un Amleto in meno (1973) si chiude la sua esperienza cinematografica. Torna a teatro con La cena delle beffe (1974), con S.A.D.E. (1974) e ancora con Amleto (1975). Molto importante è la sua cosiddetta «svolta concertistica»: rappresenta infatti Manfred (1980), un poema sinfonico con musiche di Shumann che raccoglierà notevole successo di pubblico e critica. Nel 1981 dalla Torre degli Asinelli a Bologna recita la Lectura Dantis, seguono Pinocchio (1981), Adelchi (1984), Hommelette for Hamlet (1987), Lorenzaccio (1989) e L'Achilleide n. 1 e n. 2 (1989-1990).
Carmelo Bene ci lascia nel marzo 2002 a Roma, a soli 64 anni.